COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 19.662164 19.662164 18.525590
2021-03-05 17:00:00 18.735969 18.735969 18.484697
2021-03-04 17:00:00 20.378425 20.378425 18.457614
2021-03-03 17:00:00 18.023336 18.023336 18.269756
2021-03-02 17:00:00 16.231033 16.231033 18.049860
2021-03-01 17:00:00 19.579563 19.579563 17.899478
2021-02-28 17:00:00 16.711185 16.711185 17.629496

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 19.820628 19.820628 14.945419
2021-03-05 17:00:00 9.448662 17.275383 14.772592
2021-03-04 17:00:00 23.105902 23.105902 14.259915
2021-03-03 17:00:00 22.541306 22.541306 13.753368
2021-03-02 17:00:00 11.061151 22.661871 13.345343
2021-03-01 17:00:00 4.203633 4.203633 12.366944
2021-02-28 17:00:00 7.593583 7.593583 11.984789

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 16.542751 16.542751 14.489814
2021-03-05 17:00:00 16.683622 16.683622 14.253366
2021-03-04 17:00:00 17.453505 17.453505 14.155804
2021-03-03 17:00:00 15.856777 15.856777 14.205016
2021-03-02 17:00:00 14.121037 14.121037 14.207524
2021-03-01 17:00:00 7.129278 7.129278 13.854456
2021-02-28 17:00:00 11.373874 11.373874 13.649231

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 10.900298 10.900298 8.845635
2021-03-05 17:00:00 9.785472 9.785472 8.764599
2021-03-04 17:00:00 9.354305 9.354305 8.659862
2021-03-03 17:00:00 9.087317 9.087317 8.518327
2021-03-02 17:00:00 5.049505 5.049505 8.337766
2021-03-01 17:00:00 10.965868 6.444729 8.158989
2021-02-28 17:00:00 9.667674 9.667674 8.074778

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 19.325675 19.325675 17.191704
2021-03-05 17:00:00 16.824532 16.824532 17.207201
2021-03-04 17:00:00 17.024925 17.024925 17.083612
2021-03-03 17:00:00 15.923374 15.923374 16.989921
2021-03-02 17:00:00 18.940937 18.940937 16.685101
2021-03-01 17:00:00 20.148778 20.148778 16.277275
2021-02-28 17:00:00 14.674536 14.674536 15.926204

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 43.122081 34.302869 34.077046
2021-03-05 17:00:00 40.218065 31.904349 34.286599
2021-03-04 17:00:00 30.340963 34.494443 34.069481
2021-03-03 17:00:00 33.405876 33.405876 33.591943
2021-03-02 17:00:00 35.533879 35.533879 33.492561
2021-03-01 17:00:00 68.558606 35.840464 33.754686
2021-02-28 17:00:00 35.251216 35.251216 33.722398

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 20.288521 20.288521 17.603613
2021-03-05 17:00:00 20.300937 20.300937 17.367849
2021-03-04 17:00:00 18.498274 18.498274 17.321577
2021-03-03 17:00:00 19.862425 19.862425 17.124862
2021-03-02 17:00:00 15.100883 15.100883 16.798559
2021-03-01 17:00:00 18.756816 5.463787 16.277870
2021-02-28 17:00:00 18.522542 18.522542 16.086383

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 6.583825 7.846386 7.072009
2021-03-05 17:00:00 7.073612 7.073612 7.099025
2021-03-04 17:00:00 8.701876 8.701876 7.059990
2021-03-03 17:00:00 7.535197 7.535197 6.978412
2021-03-02 17:00:00 5.439311 5.439311 6.829227
2021-03-01 17:00:00 9.786277 5.308115 6.705637
2021-02-28 17:00:00 6.818182 6.818182 6.658456

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 11.034483 11.034483 12.994988
2021-03-05 17:00:00 13.223787 13.223787 13.058800
2021-03-04 17:00:00 14.541623 14.541623 13.191040
2021-03-03 17:00:00 13.161660 13.161660 13.066826
2021-03-02 17:00:00 12.602842 12.602842 13.016074
2021-03-01 17:00:00 13.739440 13.739440 13.220146
2021-02-28 17:00:00 12.326044 12.326044 13.300210

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 34.703140 34.703140 32.200236
2021-03-05 17:00:00 31.996561 31.996561 31.960133
2021-03-04 17:00:00 31.602736 31.602736 31.542075
2021-03-03 17:00:00 32.208266 32.208266 31.121347
2021-03-02 17:00:00 37.199644 37.199644 30.722208
2021-03-01 17:00:00 28.162512 28.162512 30.260105
2021-02-28 17:00:00 26.627933 26.627933 29.647769

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 19.078047 19.078047 17.962484
2021-03-05 17:00:00 21.953826 21.953826 17.877609
2021-03-04 17:00:00 23.342647 23.342647 17.387336
2021-03-03 17:00:00 15.881984 15.881984 17.203914
2021-03-02 17:00:00 8.234127 8.234127 16.737327
2021-03-01 17:00:00 24.545955 24.545955 16.462032
2021-02-28 17:00:00 22.826087 22.826087 16.062869

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 7.424242 7.424242 10.293900
2021-03-05 17:00:00 16.193853 16.193853 10.498646
2021-03-04 17:00:00 7.865169 7.865169 10.447888
2021-03-03 17:00:00 8.985283 8.985283 10.376772
2021-03-02 17:00:00 3.742204 3.742204 10.043500
2021-03-01 17:00:00 18.303571 18.303571 10.045607
2021-02-28 17:00:00 13.846154 13.846154 9.841597

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 203.738318 203.738318 73.697020
2021-03-05 17:00:00 63.888889 63.888889 72.690394
2021-03-04 17:00:00 55.482456 55.482456 72.602527
2021-03-03 17:00:00 69.825436 69.825436 72.687884
2021-03-02 17:00:00 100.425532 100.425532 74.182371
2021-03-01 17:00:00 63.350785 63.350785 74.069200
2021-02-28 17:00:00 52.314815 52.314815 73.539379

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 53.731343 53.731343 63.415879
2021-03-05 17:00:00 59.183673 59.183673 65.088151
2021-03-04 17:00:00 62.397820 62.397820 67.665402
2021-03-03 17:00:00 52.500000 81.136364 69.562278
2021-03-02 17:00:00 47.311828 47.311828 70.985981
2021-03-01 17:00:00 15.489130 89.402174 73.640278
2021-02-28 17:00:00 74.772727 74.772727 75.391641

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 18.832055 18.832055 20.570340
2021-03-05 17:00:00 16.878604 16.878604 20.285704
2021-03-04 17:00:00 41.553212 41.553212 20.155298
2021-03-03 17:00:00 19.730424 19.730424 19.955187
2021-03-02 17:00:00 16.203424 16.203424 19.525548
2021-03-01 17:00:00 25.920108 25.920108 19.300567
2021-02-28 17:00:00 18.969506 18.969506 18.921641

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 30.495579 30.495579 26.488172
2021-03-05 17:00:00 27.175163 27.175163 26.062253
2021-03-04 17:00:00 31.193059 31.193059 25.920852
2021-03-03 17:00:00 26.682184 26.682184 25.563716
2021-03-02 17:00:00 15.975591 21.497000 24.750165
2021-03-01 17:00:00 21.986063 23.360135 24.641129
2021-02-28 17:00:00 53.262519 22.557841 24.690527

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 3.965236 3.965236 3.762360
2021-03-05 17:00:00 3.641571 3.641571 3.763750
2021-03-04 17:00:00 4.612756 4.612756 3.778701
2021-03-03 17:00:00 4.263402 3.250317 3.754203
2021-03-02 17:00:00 3.399709 3.399709 3.684742
2021-03-01 17:00:00 3.602882 3.821340 3.758556
2021-02-28 17:00:00 3.725206 3.725206 3.815429

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 12.827736 12.827736 11.256279
2021-03-05 17:00:00 11.988912 10.679012 11.211477
2021-03-04 17:00:00 12.436154 12.436154 11.162547
2021-03-03 17:00:00 10.933063 10.933063 11.087818
2021-03-02 17:00:00 12.382411 12.382411 10.945635
2021-03-01 17:00:00 9.719398 9.719398 10.820643
2021-02-28 17:00:00 9.320988 9.320988 10.670364

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 10.021702 10.021702 9.224224
2021-03-05 17:00:00 9.608930 9.608930 9.270497
2021-03-04 17:00:00 9.512476 9.512476 9.170870
2021-03-03 17:00:00 8.772724 8.772724 9.119778
2021-03-02 17:00:00 9.147501 9.147501 9.090399
2021-03-01 17:00:00 12.183940 7.432203 9.030025
2021-02-28 17:00:00 9.579334 9.579334 8.979879

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 27.717924 27.717924 29.386477
2021-03-05 17:00:00 32.275711 32.275711 29.477188
2021-03-04 17:00:00 29.535398 29.535398 29.349024
2021-03-03 17:00:00 25.704526 25.704526 29.178602
2021-03-02 17:00:00 45.085803 45.085803 28.766603
2021-03-01 17:00:00 58.088235 29.212254 28.523216
2021-02-28 17:00:00 65.432099 22.685928 28.216059

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 4.776119 12.903226 9.654080
2021-03-05 17:00:00 24.193548 24.193548 9.456618
2021-03-04 17:00:00 11.224490 11.224490 8.863761
2021-03-03 17:00:00 5.487805 5.487805 8.738921
2021-03-02 17:00:00 6.896552 6.896552 8.211867
2021-03-01 17:00:00 7.142857 7.142857 8.134560
2021-02-28 17:00:00 18.032787 5.737705 7.791197

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-06 17:00:00 28.400074 38.198064 32.151515
2021-03-05 17:00:00 34.573857 34.573857 31.995046
2021-03-04 17:00:00 35.883205 35.883205 31.643963
2021-03-03 17:00:00 33.030382 33.030382 31.214410
2021-03-02 17:00:00 29.554753 29.554753 31.134800
2021-03-01 17:00:00 34.795153 15.658271 30.491332
2021-02-28 17:00:00 30.417362 30.417362 30.028344

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 19.820628 19.820628 14.945419
Basilicata 16.542751 16.542751 14.489814
Calabria 10.900298 10.900298 8.845635
Campania 19.325675 19.325675 17.191704
Emilia-Romagna 43.122081 34.302869 34.077046
Friuli Venezia Giulia 20.288521 20.288521 17.603613
Lazio 6.583825 7.846386 7.072009
Liguria 11.034483 11.034483 12.994988
Lombardia 34.703140 34.703140 32.200236
Marche 19.078047 19.078047 17.962484
Molise 7.424242 7.424242 10.293900
P.A. Bolzano 203.738318 203.738318 73.697020
P.A. Trento 53.731343 53.731343 63.415879
Piemonte 18.832055 18.832055 20.570340
Puglia 30.495579 30.495579 26.488172
Sardegna 3.965236 3.965236 3.762360
Sicilia 12.827736 12.827736 11.256279
Toscana 10.021702 10.021702 9.224224
Umbria 27.717924 27.717924 29.386477
Valle d'Aosta 4.776119 12.903226 9.654080
Veneto 28.400074 38.198064 32.151515

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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